对于初次接触印制
电路板设计的用户来说，首先面临的问题就是设计工作中究竟包括哪些步骤，应从什么地方入手、各个步骤之间的衔接关系如何？因此，在利用Protel99SE设计印刷电路板之前，必须了解基本工序，也就是印制电路板的布线流程。
一、绘制正确的原理图和网络表
原理图是设计PCB板的前提，而网络表是连接原理图和PCB板图的桥梁，所以在绘制PCB电路板之前一定要先得到正确的原理图和网络表。
二、确定元件封装
要完成从原理图到PCB的转换，只有各个元器件对象的连接关系是不够的，还必须知道每一个元件的封装形式（Footprint）。Protel99SE提供了丰富的标准元件库，在导入网络表文件 ，必须先加载PCB元件封装库，并且要确保所有用到的库都已载入。
三、设置环境参数
用户可以根据自己的习惯设置环境参数，如栅格大小、光标捕捉大小、公制英制单位的转换以及工作层面的颜色等。另外，因为PCB板图由很多层构成，所以还需要对PCB板的图层进行设置。
四、规划电路板
这一步主要是对电路板的各种物理参数进行设置，包括电路板是采用双层板还是多层板，电路板的形状、尺寸，电路板的安装方式，在需要放置固定孔的地方放上适当大小的焊盘，以及在禁止布线层上绘制PCB板的外形轮廓等等。
五、导入网络表
网络表中包含了各个元器件的封装形式，以及元件之间的连接关系，因此导入网络表之后就得到了PCB的后续设计的基础。
六、元件的布局
应当从机械结构、散热、电磁干扰、将来布线的方便性等各方面综合考虑。先布置与机械尺寸有关的器件并锁定这些器件，然后布置较大的、占用空间较多的器件和电路的核心元件，最后布置外围的小元件。
七、制订详细的布线规则
布线规则包括走线间距、各种线宽、过孔的大小、布线的拓扑结构等，这些规则需要根据所设计的电路板的实际情况进行设置。另外，还要在不希望有走线的区域内放置填充层，如散热器和卧放的两脚晶振下方所在的布线层。
八、PCB布线
这一步骤包括了手工布线、自动布线和手工调整三个小步。
九、电路板的引出端的处理
在实际
PCB设计中，电源、接地、信号的输入和输出等端必须与外界相连，引出方式根据工艺要求而定。常见的引出方式—利用焊盘引出和利用接插件引出；也可以在原理图中添加引出端，而后更新PCB板。
十、敷铜与补泪滴
为了增强电路板的抗干扰能力，需要对各布线层的放置地线网络进行敷铜，根据需要可以有网格状敷铜或实心敷铜，也可以对电源网络进行敷铜。另外，还需要对所有过孔和焊盘补泪滴，对于贴片和单面板一定要加泪滴。
十一、进行设计规则检查
为了确保电路板图符合设计规则，以及所有的网络均已经正确连接，布线完毕后一定要做设计规则检查。这一步与前面的制订详细的布线规则是相互呼应的，一方面，可以根据制定好的设计规则来检查布线错误；另一方面，如果布线过程中需要忽略某些错误，也可以对设计规则进行修改。
十二、调整其余层上的信息
全部调完并且通过设计规则检查之后，将所有丝印层的字符拖放到合适位置，注意尽量不要放在元件下面或过孔和焊盘的上面，对于过大的字符可适当缩小。最后再放上印板名称、设计版本号、公司名称、文件首次加工日期、印板文件名、文件加工编号等信息，并可用第三方提供的程序加上中文注释。
十三、保存和导出印制板文件
电路板设计完成后，还要对印制板文件进行整理、存档和打印图纸等工作。此外还可以导出元件明细表，生成电子表格文档作为元件清单等。
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